במקרים רבים סובלים מתופעות רבות של מערכת העיכול אשר לא נמצאה להן סיבה ברורה. ברור רפואי אצל רופא גסטרו שולל מחלה ברורה והרופא נותן אבחנה של מעי רגיז או הפרעה תפקודית של המעי, אשר יש ללמוד לחיות איתה.
במצבים כאלה, כדאי לבדוק את חיידקי המעיים בבדיקות צואה. ראשית, כדאי לעשות בדיקת צואה דרך רופא המשפחה או רופא הגסטרו, כדי לשלול הימצאות חיידקים מזיקים. במצב שלא נמצאו חיידקים כאלה, ישנה אפשרות לעשות בדיקת צואה רחבה יותר הבודקת לעומק את הרכב חיידקי המעי, וכוללת עשרות רבות של פרמטרים (חיידקים פתוגנים, טפילים, מדדי דלקת, מדדי עיכול, ועוד).
בדיקה זו, מומלצת מאוד במצבים שההפרעות התפקודיות נמשכות לאורך זמן ללא פתרון, ואיכות החיים ירודה.
הבנת הסיבה להפרעות התפקודיות יכולה להיות תלויה במספר רב של משתנים (הרכב חידקים, המצאות אמבות או פרזיטים אחרים, מחסורים אנזימתיים המעידים על קושי בפרוק מזון ועד…) מנסיוני הרב בשימוש בבדיקות אלה, הבנת הבעיה או שלילתה עוזרת מאוד בפתרון.
